Προσωπικές σχέσεις
Αυτό στο οποίο φαίνεται να υπάρχει κάποια συμφωνία είναι πως ήταν σεξουαλικά εγκρατής.
H πιο καθοριστική σχέση του με γυναίκα ήταν αυτή με τη μητέρα του, Ολυμπιάδα. Ανέπτυξε θερμές φιλικές σχέσεις με γυναίκες μεγαλύτερης ηλικίας όπως η βασίλισσα Άδα της Καρίας και η μητέρα του Δαρείου, Σισύγαμβις, γυναίκες που ίσως θα μπορούσαν να χαρακτηριστούν μητρικές φιγούρες.
Ο Αλέξανδρος παντρεύτηκε τρεις φορές: Τη Ρωξάνη, κόρη του ευγενή της Σογδιανής Οξυάρτη της Βακτρίας. Για πολιτικούς λόγους, τις Περσίδες πριγκίπισσες Στάτειρα Β΄ και Παρυσάτιδα, η μεν πρώτη κόρη του Δαρείου Γ΄, η δε δεύτερη κόρη του Αρταξέρξη Γ΄.Φαίνεται πως είχε δύο γιους, τον Αλέξανδρο Δ΄ της Μακεδονίας με τη Ρωξάνη και, ενδεχομένως, τον Ηρακλή με την ερωμένη του Βαρσίνη. Έχασε άλλο ένα παιδί όταν η Ρωξάνη απέβαλε στη Βαβυλώνα.
Ο Αλέξανδρος είχε στενή σχέση με τον φίλο, στρατηγό και σωματοφύλακά του Ηφαιστίωνα, γιο Μακεδόνα ευγενούς. Ο θάνατος του Ηφαιστίωνα συγκλόνισε τον Αλέξανδρο. Αυτό το συμβάν μπορεί να συνέβαλε στην επιδείνωση της υγείας και της ψυχικής του κατάστασης κατά τη διάρκεια των τελευταίων μηνών της ζωής του. Πιθανώς αυτή η ακραία θλίψη να είναι το κλειδί της ερμηνείας της σχέσης μεταξύ των δύο ανδρών. Σε ταφικό μνημείο μετά τον θάνατο του Αλέξανδρου, απεικονίζονται οι δυο τους ως δίδυμοι με απαλό ανδρόγυνο πρόσωπο. Ισως ο τάφος του Μεγάλου Αλεξάνδρου δώσει περισσότερα στοιχεία για την σχέση μεταξύ των δυο ανδρών. Ο Κλαύδιος Αιλιανός, στη συλλογή του ανέκδοτων ιστοριών Ποικίλη Ιστορία, γράφει για την επίσκεψη του Αλέξανδρου στην Τροία, όπου «όταν ο Αλέξανδρος στεφάνωσε τον τάφο του Αχιλλέα και ο Ηφαιστίονας αυτόν του Πατρόκλου, ο τελευταίος αποκρίθηκε ότι ήταν ερωμένος του Αλέξανδρου, ακριβώς όπως ο Πάτροκλος ήταν για τον Αχιλλέα». Ωστόσο ο Καναδός ιστορικός Βάλντεμαρ Χέκελ (Waldemar Heckel) είναι σχεδόν βέβαιος ότι η ιστορία αυτή δημιουργήθηκε μετά τον θάνατο των δύο ανδρών. Για τη φύση της σχέσης των δύο ανδρών, ο ίδιος ιστορικός υποστηρίζει πως δεν είναι δυνατό να εξακριβωθεί αν υπήρχε ερωτικό στοιχείο σε αυτή τη σχέση αλλά είναι βέβαιο πως δεν επηρέασε σοβαρά τις πολιτικές του ενέργειες. Όμως κάποιες από τις υπερβολικές αντιδράσεις του Αλεξάνδρου κατά τον θάνατο του Ηφαιστίωνα, αν και ειλικρινείς, είχαν οπωσδήποτε πολιτικές επιπτώσεις. Σύμφωνα με την Αμερικανίδα ιστορικό Τζιν Ριμς (Jeanne Reames), οι περισσότεροι σύγχρονοι ιστορικοί καταλήγουν πως η σχέση του Μεγάλου Αλεξάνδρου με τον Ηφαιστίωνα ήταν κάτι περισσότερο από πλατωνική. Οι περισσότεροι Έλληνες ιστορικοί αρνούνται με κάθε τρόπο μια τέτοια ιδέα.
Αλεξανδρος, Βουκεφάλας, και Νικη, Πéλλα
Στην Εγκυκλοπαίδεια της Ομοφυλοφιλίας, στο λήμμα για τον Μεγάλο Αλέξανδρο, αναφέρεται πως, παρ όλες τις σχέσεις του με αρκετές γυναίκες, από μικρή ηλικία είχε πάθος με τα όμορφα αγόρια και παραπέμπει στους Δειπνοσοφιστές του Αθηναίου. Αναφέρεται επίσης η σχέση του και με τον όμορφο ευνούχο Βαγώα, πρώην αγαπημένο του Δαρείου.Στην Εγκυκλοπαίδεια του αρχαίου ελληνικού κόσμου, αναφέρεται πως ο Αλέξανδρος είχε ήταν αμφιφυλόφιλος, κάτι το οποίο ήταν σύμφωνο με τα τότε έθιμα της ελληνικής ανώτερης τάξης. O ιστορικός Ρόμπιν Λέιν Φοξ (Robin Lane Fox) λέει ότι «οι μεταγενέστερες φήμες υποθέτουν ότι ο Βαγώας ήταν εραστής του Αλεξάνδρου. Αυτό είναι αβέβαιο.» Η ιστορικός Ελίζαμπεθ Κάρνι (Elizabeth D. Carney) λέει πως θα ήταν σφάλμα να αποδοθεί η ιδιότητα του ομοφυλόφιλου στον Αλέξανδρο, παρόλο που δέχεται πως είχε σεξουαλικές σχέσεις με τον Βαγώα και ίσως και με τον Ηφαιστίωνα, γιατί στους Μακεδόνες, όπως και στους νότιους Έλληνες, δεν θεωρούνταν υποχρεωτικό να έχει κάποιος ερωτικές σχέσεις μόνο με άτομα του αντίθετου ή του ίδιου φύλου, ιδιαίτερα οι νέοι άντρες της ανώτερης τάξης. O πατέρας του, Φίλιππος ήταν περιβόητος όχι μόνος για τις πολλές σχέσεις του με γυναίκες αλλά και με άντρες.